病原检测测序一体机软件管理系统功能

更新日期:2020-11-12  关键字:病原监测,样品分析,测序一体机

一、主要功能模块

样品中心、实验中心、报告中心、数据删除、知识库、安全审计、系统管理
三种角色:实验员、报告员、管理员
样品中心和实验中心是:实验员负责操作
报告中心、数据删除、知识库是:是报告员负责操作
所有模块都是:管理员可以操作

二、部分功能模块介绍

2.批次的状态依次为(有顺序): 终止/等待下机/QC中/QC异常/分析中/分析异常/分析完成 (样品的状态跟批次的状态一致)
每个批次,可以点击批次编号,查看具体的样品信息,如果状态是“QC异常”或“分析异常”,则可编辑样品信息。
除了编辑样品信息外,还有两个操作可以进行:
第一个是:可选择部分样品,“退回录样”这个时候,被选择的样品从改批次中删除,退回到【【样品中心】】的【录样单】界面。
第二个是:可以修改该批次的状态,下拉可选择的状态及对应的可能场景如下:
“终止”:这个批次不能再用了
“等待下机”:实验有问题,退回实验环节
“QC中”:index填错等,修改后可重新做数据质控分析。
“分析中”:样品信息有问题,修改后可以重新分析(包括舍弃部分样品,可能不存在次场景,先考虑进来)。
修改状态只能往前修改,不能往后选取,不能选择当前状态后面的状态。
修改后,点击按钮有:“取消”、“保存”、“提交”

3.跟生信流程的接口: 接口1(取): 根据状态,查询对应的“批次编号”、“仪器编号”、“芯片编号” 及相关的lane和样品信息。
接口2(推):“批次编号” => 推送批次状态、 QC结果(非必填)、 分析路径(非必填)、BCL路径(非必填)
路径用数组存,并且带存储大小信息,可能会有多个(比如重复分析),实际使用的是最新的那个。
当需要删除数据时(【【数据删除】】模块,可以选择批次删除非必要数据):BCL路径直接删,其他路径如果有多个,把非最新路径删除。
用接口1,分析流程拿到“等待下机”的“仪器编号”+“芯片编号”(具体字段待定),然后到下机路径中监控,发送路径下机完成后,用接口2推送批次状态为“QC中”。
等QC完成后,推送状态“分析中”以及QC结果(一个报告或者表格,相关指标也弄到系统的数据库里面,跟样品对应,后面的模块有用);
分析完成后,推送状态“分析完成”以及“分析路径”,(有固定的目录结构规则,方便后面抓取各种必要的信息);
如果QC或者分析中有异常,推送“QC异常”或“分析异常”,路径或报告也推送一下,记录数据库中,方便排查。
此外每个状态推送的时间,系统需要记录。

三、知识库

有菌原知识库,和耐药知识库。
可以根据表头信息查询数据库里面已有的信息,点击编辑可以修改,但要记录修改人和修改日期。也可以点击新增,录入新的信息。每次有改动,版本号+0.1,并记录该版本的时间。
可以回滚版本。

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